| 党群组织 | ||
党委办公室 党委统战部 | 党委组织部 | 党委宣传部 东大新闻网 |
| 纪委办公室（监察处） | 党委学工部（学生处） | |
| 党委研究生工作部（研究生院） | 党委武装部 | 党委保卫部（保卫处） |
| 党委老干部处 | 团委 东南大学学生会 东南大学研究生会 | 工会 |
| 机关党委 | 产业工委 | 党委教师工作部 |
| 党委巡察工作办公室 | ||
| 行政机构 | ||
| 校长办公室 | 国际合作处(港澳台办公室) | 研究生院 |
| 教务处 | 科研院 | 人事处 |
| 学生处 | 保卫处 | 财务处 校园一卡通中心 |
| 审计处 | 监察处 | 总务处 |
| 社会科学处 | 资产经营管理处 | |
| 发展委员会 校友总会 教育基金会 | 基本建设处 | |
| 保密办公室 | 丁家桥校区管理委员会 | 四牌楼校区管理委员会 |
| 直属单位 | ||
| 图书馆 | 档案馆 校史研究室 | 高等教育研究所 |
| 东南大学学报（自然科学版）编辑部 | 东南大学学报（哲学社会科学版）编辑部 | 东南大学学报（医学版）编辑部 |
| 继续教育学院 | 东南大学医院 | 东南大学无锡分校 |
东南大学苏州研究院 | 东南大学建筑研究所 | 汽车工程研究院 |
| 生命科学研究院 | 城市工程科学技术研究院 | 东南大学——南京通信技术研究院 |
| 学习科学研究中心 | 智能运输系统（ＩＴＳ）研究中心 | |
中华民族视觉形象研究基地 | ||
| 附属单位 | ||
| 东南大学附属中大医院 | 东南大学成贤学院 | 江苏东南大学资产经营有限公司 |
